La Reserva Comunal Amarakaeri se ubica entre otras importantes áreas protegidas como el Parque Nacional del Manu, la Reserva Nacional Tambopata y el Parque Nacional Bahuaja-Sonene, formando parte de un corredor biológico único en el mundo, que involucra áreas protegidas de los vecinos países de Brasil y Bolivia. Dentro de la reserva se pueden encontrar varias Zonas de Vida como el Bosque Húmedo Subtropical, Bosque Muy Húmedo Subtropical, Bosque Pluvial Subtropical y el Bosque Pluvial Semisaturado Subtropical. La vegetación característica de esta zona cuenta con árboles de 30 metros de altura, plantas epífitas de las familias aráceas, bromeliáceas y diversidad de orquídeas. En las riberas de los ríos se encuentran especies como Caña Brava (Ginerium sagitatum), Pájaro Bobo (Tessaria sp.), Cetico (Cecropia sp.), Palo Balsa (Ochroma sp.), Paca (Guadua sp.), Bobinsana (Calliandra sp.) y Topa (Ochroma sp.).
La reserva posee también una gran diversidad de fauna, con altos rangos de dispersión y endemismo, presentando especies como diferentes variedades de Monos (Lagothrix lagothrica, Alouatta seniculus), Tapir (Tapirus terrestris), Sajino (Tayassu tajacu), Huangana (Tayassu pecari), Venados (Mazama americana, Mazama quoazoubira), Oso Hormiguero (Myrmecophaga tridactyla), Armadillo (Priodontes maximus), Ronsoco (Hydrochaeris hydrochaeris) y felinos (Felis concolor, Felis pardalis, Felis wiedii).
Entre los reptiles encontramos a las tortugas Taricaya (Podocnemis unifilis) y Motelo (Geochelone denticulata), al Caimán Blanco (Caiman crocodylus), Caimán Negro (Melanosuchus niger), Iguana (Anolis sp.), serpientes (Lachesis muta, Bothrops atrox, Bothrops bilineatus, Corallus caninus, Spilotes pullatus, Epicrates cenchria, Micrurus mertensi) y diversas especies de aves como Loros y Guacamayos. Esta área protege a varias especies en peligro de extinción como el Lobo de Río (Pteronura brasiliensis), los osos de anteojos (Tremarctos ornatus), Jaguar (Pantera onca) y Maquisapa (Ateles paniscus chamek).
Los objetivos de la Reserva Comunal Amarakaeri son los de mantener y desarrollar los valores culturales de las comunidades. El área está protegida por el estado peruano, y principalmente, los pueblos indígenas que allí moran. Ellos, como muchas otras comunidades de la región no desean contactarse con la vida urbana.
